Dat gebeurde toen het zeetransport zich in zwaar weer bevond en de verstekelingen op de oceaan het mogelijk wat te benauwd kregen. Volgens niet bevestigde berichten zou de vermoeide bemanning van het dokschip in een eerste reactie zeer geïrriteerd hebben gereageerd op de verstekelingen en ze overboord hebben willen zetten. Op last van de kapitein van het onder Duitse vlag varende dokschip, zijn de verstekelingen volgens de 'wetten van de zee' behandeld, opgesloten en bewaakt en tijdens de reis voorzien van water en voedsel.

Direct na aankomst van de Batavia in Sydney, zijn de Zuid-Afrikanen door de politie van boord gehaald en met jutezakken over het hoofd in een politiebusje afgevoerd.

Van een asielaanvraag zou geen sprake zijn geweest. Het Duitse consulaat heeft in overleg met de Duitse rederij gezorgd voor uitreisvisa en de Zuid-Afrikanen direct op het vliegtuig gezet naar Kaapstad.

Hoe de verstekelingen ongezien in Kaapstad aan boord hebben kunnen klauteren van het transportschip blijft vooralsnog een raadsel. De Batavia maakte na een stormachtig begin van de zeereis in Kaapstad slechts een korte tussenstop van enkele uren, om een achterstand van twee dagen op het geplande reisschema in te lopen. Wel bracht de bemanning een bezoek aan de Nederlandse ambassade en werden nieuwe voorraden ingeslagen.

Volgens Ad van der Zee, woordvoerder van de Batavia-werf, valt de ontdekking van de verstekelingen niet onder de verantwoordelijkheid van Stichting Nederland bouwt VOC-Retourschip maar is het zaak van de Duitse rederij. De Batavia zou tijdens de stormachtige zeereis lichte averij hebben opgelopen.

De vermoeide achtkoppige bemanning van de Batavia heeft zich inmiddels gesetteld in Sydney. Als verblijf zijn voor de komende veertien maanden een huis en een woonark ingericht. Ook beschikt de bemanning over een auto en een uitstekende bootverbinding naar Darling Harbour, waar de Batavia vanaf 5 december ligt te pronken.